فیلم از سه داستان موازی تشکیل شدهاست که در انتها به هم میپیوندند. فیلم با داستان یک جنگاور اسپانیایی به نام "توماس" آغاز میشود. او در جنگلهای محل زندگی مایاها به دستور "ملکه ایزابل" به دنبال درخت حیات است.داستان دوم به زندگی دکتر "تام کرئو" میپردازد که به دنبال درمانی برای سرطان میگردد تا همسرش "ایز" را از مرگ نجات دهد. در داستان سوم روایت مردی است که در فضایی ناشناخته درون حبابی به همرا یک درخت خشک و کهنسال شناور است.